1960 yılında Tekirdağ’da doğdu. Müziğe on bir yaşında başladı. İTÜ Türk Müziği Devlet Konservatuarı’nı bitirdi. Klasik gitar ve kânun eğitimi aldı. Bu okulda Yalçın Tura, Fikret Kutluğ, Hurşid Ungay, Haydar Sanal, Faris Akarsu, Selâhaddin İçli, Tülin Yakarçelik, Bekir Sıdkı Sezgin, Nida Tüfekçi, Ercüment Berker gibi hocaların talebesi oldu. MÜ Sosyal Bilimler Enstitüsü’nde İslâm Felsefesi alanında yüksek lisans yaptı ve Prof. Dr. Mustafa Tahralı ve Prof. Dr. Bekir Karlığa yönetiminde “İhvân-ı Safâ’da Müzik Düşüncesi” başlıklı bir tez hazırladı. 100. Yıl Üniversitesi Müzik Bölümü’nün kuruluşunda katkı sağladı ve bir süre araştırma görevlisi olarak çalıştı. Aynı süreç içinde İTÜ Sosyal Bilimler Enstitüsü ve Mimar Sinan Üniversitesi Devlet Konservatuarı bünyesinde doktora/sanatta yeterlik eğitimini, Prof. Dr. Nevzad Atlığ danışmanlığında hazırladığı “Mevlevilikte Müzik Felsefesi” konulu tezle tamamladı. Doktora/sanatta yeterlik eğitimi kapsamında MSÜ Sosyoloji Bölümü’nde Prof. Dr. Ömer Naci Soykan ile “Müzik Sosyolojisi” ve MSÜ Konservatuarı’nda Prof. Ahmet Yürür ile “Geleneksel Müzikler: Hind Müziği” çalıştı. Süleyman Erguner’den ney, Cinuçen Tanrıkorur’dan ud dersleri aldı. Beş yıl boyunca Cemal Reşit Rey Konser Salonu genel sanat yönetmenliğini yürüten Doç. Dr. Yalçın Çetinkaya, Haliç Üniversitesi Konservatuarı’nda öğretim üyesi ve İstanbul Üniversitesi Devlet Konservatuarı’nda öğretim görevlisi olarak “Müzik Felsefesi”, “Müzik Sosyolojisi”, “Müzik Estetiği”, “Batı Müziği Tarihi”, “Türk Müziği Tarihi”, “Mukayeseli Müzik Tarihi” gibi dersler verdi. CRR Konser Salonu’nda “Yılın En İyi Konser Etkinlikleri Ödülü” ve bir yıl sonra da “Uluslararası Nuri İyicil Keman Yarışmasına Destek Jüri Özel Ödülü”ne lâyık görüldü. Hâlen İTÜ Türk Musikîsi Devlet Konservatuarı Müzikoloji Bölümü’nde öğretim üyesi ve Medeniyetler İttifakı Enstitüsü Yenikapı Mevlevîhanesi’nde Sanat Danışmanı olarak görev yapan Yalçın  Çetinkaya,  gazetecilik yaptığı dönemlerde “Memleket Meseleleri” başlıklı röportajlarıyla “Yazarlar Birliği Yılın Röportaj Gazetecisi Ödülü”ne ve genel yayın yönetmeni olarak görev yaptığı İzlenim dergisi “Yılın Dergisi” ödülüne lâyık görüldü. Reklam yazarlığı yaptığı dönemlerde “Kristal Elma Mansiyon Ödülü” kazandı. Reklâmcılık ve Manipülasyon, İhvanı Safa’da Müzik Düşüncesi, Memleket Meseleleri ve Müzik Yazıları adlı yayınlanmış dört kitabı bulunuyor. Müzik Doğu’dan Gelir ve Lîsân-ı Aşk: Mevlevîlikte Müzik Felsefesi adlı kitapları yayına hazırlık ve baskı aşamasındadır. 2012 Uluslararası Itrî Yılı’nda MEDİT tarafından düzenlenen “Uluslararası Itrî Sempozyumu”nun düzenleme kurulunda yer aldı.